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Batch complet pour faire la chaîne de traitements des données de la conversion en NIfTI au premier niveau

Le "batch" Matlab main.m :

- convertit les fichiers DICOM en NIfTI,

- renomme les fichiers des images,

- fait les différents prétraitements (normalisation, etc),

- les traitements de premier niveau et

- fait des post-traitements des données (lissage, normalisation des matières blanche et grise, symétrie...).

Pour l'utiliser il suffit d'éditer le fichier main.m (dans /mfiles/) avec les paramètres adaptés. Par exemple, il faut mettre à 1 les tâches à exécuter (todo_...). Il faut surtout changer les noms des sujets que vous voulez traiter et les différents paramètres : slice_order, TR, coupe de référence...

Une fois tous les paramètres adaptés, vous pouvez lancer le batch main.m.

Note : Vous pouvez lancer directement le "batch" main.m si vous mettez le flag todo_initializations = 1. SPM5 sera lancé automatiquement (vous pouvez le quitter de suite).

Télécharger http://www.unicog.org/pmwiki/files/matlab_scripts/FunctionalPipeline_Symmetry_Moreno_2008.tar

Pour le "détarer", utiliser la commande suivante sous Linux :

tar xvf FunctionalPipeline_Symmetry_Moreno_2008.tar