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DTIPreprocessing

Prétraitement Diffusion (Neurospin)

Pour commencer

▪ Lancez la version de développement de BrainVISA e la manière suivante: /neurospin/research/Fedora-4/SHFJ_pack-main/BrainVISA

Créer et charger une database du style

	Nom_de_Protocole

A l’intérieur se trouvera le Protocole ‘Subjects’. Dans l’exemple suivant, on a crée le sujet S1_7094.

▪ Récupérer dans un endroit provisoire : Une anat (format .nii ok avec les nouvelles version d’Anatomist et de Brainvisa) + diffusion démosaïquée, récupérée de NrmServer avec l’option GisConversion

Importation de la diffusion
Toolbox = Diffusion & Tracking

	Import >
		Import diffusion NmrSmsVB13ADwSpinEchoEpi

Choisir de préférence avec la loupe rouge un protocole, un sujet correctement organisé du pt de vue hiérarchique, et commencer a taper, dans la ligne ‘acquisition’, le début du type d’image, come ‘t2..’ et ca automatiquement le compléter correctement. Le reste sera alors aussi rempli correctement dans l’interface.

Préparer l’anatomie C’est à faire si ensuite on veut mettre en regard des données anatomiques, de diffusion et fonctionnel . ▪ Importer l’anat. dans la database
Toolbox = T1 MRI

	Import >
		Import T1 MRI

Apres ca, on peut se débrouiller avec la loupe verte !! la database est bien rangée !

▪ Créer un fichier des repères AC/PC (commissures)
Toolbox = T1 MRI

	Segmentation Pipeline >
		Components >
			Prepare subject for anatomical pipeline

-ouvrir une image T1 de la base (loupe verte) (la non-normalisé, si étude intra-sujet) -définition des commissures et autres points de repère anatomiques : cliquer sur la petite tête a droite, sur la ligne de chaque point anatomique, choisir en cliquant un point sur l’anatomie, puis re-cliquer sur l’icône de petit tête pour valider.

	-Anterior commissure (paire de moustache avant, vers z=68 sur le curseur haut/bas)
	-Posterior commissure (passer en sagittale, et aller au dessus du bulbe, là où il y a un pt tube qui passe (y=93)
	-Interhemispjheric point (un point entre hémisphère quelconque, mais loin des deux premiers sélections x=153)
	-Left hemisphere point (un pt quelconque, à droite dans Anatomist)

-lancer Exécuter

Correction des distorsions
Toolbox = Diffusion & Tracking

	DTI pipelines component
		Echoplanar distorsion correction

Creation de transformations entre Anatomie et Diffusion (différents volumes d’acquisition)
Toolbox = Diffusion & Tracking AC-PC Alignement > Diffusion to AC/PC referential

Note : il y a une erreur en rouge, mais pas grave, pour créer une des transformations.

A partir de ce moment, on a crée des transformations de l’anat. non normalisé vers la t2 de diffusion, et vice versa. De même, on a généré sous SPM une matrice de transformation de l’espace non normalisé vers l’espace normalisé (où se trouve être en général nos traitement fonctionnel). On saura donc passer de l’espace normalisé vers l’espace de la T1 native, et de la T1 native vers la T2 de diffusion.