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MarsBarMarsBar Extraction d’une ROI a partir d’une matrcie de resultat SPM 1) créer une ‘matrice’ de cluster ROI -aller dans ROI definition -Gets pm clusters’s (et choisir les seuils, etc…) -fenetre SPM en bas a gauche, menu du haut : write ROI => ca crée une image roi.mat par cluster isolés, et ca l’index avec les coordonées 2) exporter sous forme d’une image -aller dans ROI definition -faire EXPORT Export to image -ouvrir la roi.mat voulue From images… -ouvrir une image quelconque ayant la bonne taille (ex : 53 x 63 x 46) => ca transforme la roi.mat en roi.img. Note : on peut télécharger cette toolbox sur internet, puis l’extraire, et mettre tous les fichiers dans le répertoire ; ‘spm2/toolbox/marsbar’ (ce nom semble important pour être lu automatiquement comme une toolbox) Lorsqu’on lancera spm2, cette toolbox sera alors directement intégrée à la fenêtre SPM. Hrf_Main Taper sous Matlab hrf_main Event/condition definition from SPM design (SPM.mat) Select the number of HERf curves 4 (ici 4 condition ont été définies dans le modèle) On sélectionne alors la matrice SPM Puis, pour chaque condition, on definie un index (taper ‘1’ et ca l’associe a la catégorie ‘mot’, puis ‘2’ pour ‘visage’, etc…) What kind of HRF estimation Voxel-based Nb of subject 1 Name of subject pas très important Session vector 1 :4 (si 4 session) Where does the fMRI time course come from… Single voxel => on va entrer les coordonnée tq 5, 6, 7 Ou bien 34, 5, 7 ; 56, 77, 9 Region from MarsBar => on va alors donner un image étant crée par Marsbar ainsi : 1) faire ROI définition 2) faire EXTRACTION Data, puis SAVE DATA TO FILE Time serie from ?… GUI select (images) => il faudra sélectionner les snaima… OU bien, SPM.mat (images), plus simple Scaling from Use SPM drift model ? Y si on cherche des différences d’hemodyna. entre les conditions N sinon |