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Téléchargement des données et leur organisation

D'abord, téléchargez les fichiers avec NmrServer - maintenant intégré dans BrainVISA ("Gestion des données/DataManagement" et ensuite "Client de récupération de données/Data storage client"). Pour le téléchargement, utilisez l'option "DICOM conversion" pour avoir les images en format DICOM.

Ensuite, il faut créer la structure des répertoires pour le sujet et déplacer les données des répertoires ptk_server_task_* créés par NmrServer. Pour cela, on peut utiliser le script folders_creation_and_move_data.sh de la manière suivante (exemple) :

./folders_creation_and_move_data.sh CG070049 localizer_1 ptk_server_task_0 ptk_server_task_1

Le premier paramètre d'entrée est le nom du répertoire du sujet (typiquement le NIP), le deuxième paramètre correspond au nom du répertoire de la session qui doit être créé pour chaque acquisition (dans l'exemple, localizer_1), le troisième paramètre est le nom du répertoire ptk qui contient l'anatomie du cerveau. Puis, les différents répertoires ptk des données fonctionnelles sont indiqués.

Vous pouvez accéder au fichier folders_creation_and_move_data.sh dans le répertoire /neurospin/unicog/resources/foldercreation_scripts/ ou directement ici, et au README ici.